在推動漁電共生之初，一般民眾率會對太陽能板的安全以及漁民生存權提出疑慮，不少人質疑，是否會對當地的生態帶來影響？以近期正引發地方關心的台南七股將軍沿海地區為例，因政府在當地推動漁電共生，當開發遇上生態時，也就自然地引起民眾關心，深怕破壞了黑面琵鷺的棲息地。

但這也正如同前些日子的離岸風電之於白海豚，推行之初也曾遭到許多公民團體的質疑，不過在廠商的保證及主管單位的監督下，最後皆力求兼顧生態及綠能發展，以嚴格的配套措施朝雙贏邁進。

不過每項新產業推動前期必當經過長時間的調查以及研究，因此在環境生態上，勢必也會做好一切的準備，例如以目前台南在發展漁電共生專區，也強調會以三大優先為優先，包括環境生態優先、漁民生存優先以及在地意願優先。

若以台南的三大優先來討論，首先，漁電共生計畫在開發選址時，就會避開自然保護區、濕地保護區等生態保護區，並以環境友善與景觀維護為工程設計原則，將生態影響降到最低。因此在七股的案例中，專區自然不會設在黑面琵鷺保護區，以環境生態優先，也不會影響到國際級溼地。

而與生態一樣受關心的還有漁民的生存問題。而根據規定，漁電共生的地點須做水產養殖，不能只有發電功能，一定要「先有漁、才有電」，以漁民生存優先，以確保養殖漁民生計。

此外，在地意願更是產業進駐時首先會面對的問題，因此在漁電共生的案例裡，在專區內的任何一塊土地，若有地主或漁民反對，市府將不會許可業者在該處設置太陽能面板。唯有以在地優先，獲得在地居民的認可，才能助於一項新產業的落地與發展。

如前面所述，無論現今任何產業在進行地方建設時，必定得先做足詳盡的生態調查，在執行任何一項計畫前也都得依據科學報告進一步討論後續可能的影響，進而訂出規範或限制，並以此說服居民，如此一來也才能清楚釐清一般民眾對於這個新興產業所產生對生態影響的疑慮。